薔琵颱風來勢洶洶，交通部中央氣象署最快明晚發布海上颱風警報。對此，航港局啟動近岸12浬海域警戒區管制機制，除了禁止外籍商船進港外，明(21)日起外島船班也受到影響。其中基隆馬祖、蘭嶼航線明日至23日停航；綠島航線則是21日10時起無航班，22、23日停航；至於小琉球航線目前仍正常開航。

交通部航港局指出，為全力於颱風影響前完成近岸海域淨空，航港局實施「海警發布前近岸12浬海域淨空措施」，於海上颱風警報發布前啟動預警機制，透過航行警告電傳(NAVTEX)、船舶自動識別系統(AIS)訊文及船舶交通服務中心(VTS)以特高頻無線電(VHF)等多元管道，持續發布防災告警，要求警戒區內船舶及早駛離近岸12浬海域警戒區避風，否則將通報海巡署驅趕。

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若在海上颱風警報發布前12小時，仍有滯留警戒區內且非屬公務或救援等船舶，將通報海洋委員會海巡署執行勸離及必要驅離作業。本國籍船舶如未配合勸離或必要驅離措施，航港局將依法實施安全營運與防止污染管理制度(NSM)，以督促業者落實船舶安全管理責任，確保颱風期間的海上航行安全。

另外，受薔琵颱風外圍環流影響，明日起基隆馬祖航線停航，至於22、23日也預計停航，但因海氣象變化大，業者將視海象狀況，於當日上午11時公告開航情形；高雄馬公航線明日至22日停航、將軍東吉航線21日停航；綠島航線21日上午開航至10時後無航班，22日、23日停航；蘭嶼航線21日至23日停航；小琉球航線目前則仍正常開航。